Buenas
A riesgo de equivocarme, puedo proponerte una prueba de que hagas crecer la semilla/golden/master de la cual procede el linked clone, pero no creo que esto sea una solución porque carece casi de toda lógica (el descriptor de disco de la máquina clon seguirá siendo el mismo y su geometría informada a través del esxi durante el arranque de la vm).
Es mas, creo que una máquina con snapshots no puede crecer en tamaño o número de discos, por lo que, sintiendolo mucho, no lo veo viable.
Saludos